Singularity Container
VERSION • 3.7.0
Sofern Software benötigt wird die nicht auf dem Cluster installiert ist und sich nicht im Home-Verzeichnis installieren lässt, weil beispielsweise Root-Rechte benötigt werden, so kann ein Singularity-Container verwendet werden. Hierzu ist es vorerst notwendig einen Container zu bauen. Eine Anleitung findet sich innerhalb der offiziellen Dokumentation. Da das Bauen von Containern ausschließlich mit root-Rechten möglich ist, muss dies außerhalb des Clusters geschehen.
Alternativ ist es möglich den Container mittels eines Remote Builders in der Sylabs Cloud zu bauen. Hierfür wird ein entsprechender Account benötigt.
Container außerhalb des Clusters erstellen
Nachstehend sind einige grundlegende Schritte für das Erstellen eines Containers.
singularity pull ubuntu.sif library://ubuntu:20.04
# Start the container, and enter the shell singularity shell ./ubuntu.sif # Now check the operating system of the container, you would see Ubuntu head /etc/os-release # your user id inside container whoami # exit the container exit
singularity build --fakeroot --sandbox myubuntu ./ubuntu.sif
singularity shell --fakeroot --writable myubuntu apt update apt upgrade apt install nano exit
singularity build --fakeroot myubuntu.sif myubuntu/
Bootstrap: docker
From: ubuntu:18.04
%post
apt-get update -y
apt-get -y install libpmem1 librpmem1 libpmemblk1 libpmemlog1 libpmemobj1 libpmempool1
apt-get -y install libpmem-dev librpmem-dev libpmemblk-dev libpmemlog-dev libpmemobj-dev libpmempool-dev libpmempool-dev
apt-get -y install build-essential libmemkind-dev libvmem-dev nano git
Container im Clusters nutzen
Nachdem der Container gebaut und auf das Cluster übertragen wurde ist er auf allen Knoten verfügbar und kann mit den folgenden Befehlen gestartet werden.
student@node80:~/containers$ singularity shell my_custom_container.sif Singularity>
Im Container wird das Home-Directoy gemountet, sodass man auf alle Dateien darin normal zugreifen kann.
Der standarmäßig gesetzte Prompt Singularity> kann durch setzen der SINGULARITYENV_PS1 Umgebungsvariable angepasst werden. Das folgende Beispiel ergänzt zu Anfang den Namen des Containers. Die Umgebungsvariable kann auch in ~/.bashrc gesetzt werden.
student@node80:~/containers$ export SINGULARITYENV_PS1='(${SINGULARITY_NAME/.sif/}) \[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;34m\]\w\[\033[00m\]\$ '
student@node80:~/containers$ singularity shell my_custom_container.sif
(my_custom_container) student@node80:~/containers$
