Conda ist ein Paketmanager um reproduzierbar Software-Umgebungen auf Systemen zu installieren. Dabei werden Abhängigkeiten zu Bibliotheken automatisch aufgelöst und in vorkompilierter Fassung installiert.

Dies hat den Vorteil, dass man immer genau die gleiche Version einer Software installiert, egal auf welchem System man ist. Der Nachteil ist jedoch, dass oftmals keine Optimierungen für den konkret vorhandenen CPU berücksichtigt werden. Dies führt zu einer höheren Laufzeit der Programme.

Currently we have a mirror for Conda to allow you to install packages without internet access

conda install -c http://conda.repo.test.hhu.de/bioconda -c http://conda.repo.test.hhu.de/main -c http://conda.repo.test.hhu.de/conda-forge --override-channels $PACKAGE_NAME


name: Example
channels:
  - nodefaults
  - http://conda.repo.test.hhu.de/bioconda
  - http://conda.repo.test.hhu.de/main
  - http://conda.repo.test.hhu.de/conda-forge

dependencies:
  - bwa = 0.7.17
  - samtools = 1.10
  - bcftools = 1.10.2



If activating your conda environment works for you in interactive mode but not in batch mode, then you might need to source your files .bashrc and .bash_profile. This is because in interactive mode you'll get a login shell but in batch mode not. In your jobscript such a solution could look as follows:

#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=X:mem=XGB
#PBS -l walltime=X:00:00
#PBS -A 'XXX'

# source bash
source $HOME/.bashrc
source $HOME/.bash_profile
conda activate SOME_ENV