Eine weit verbreitete Programmierumgebung für statistische Berechnungen und Grafiken.
Aktuell haben wir auf dem Cluster Version 3.6.1 als neueste Version von R installiert. Aus Gründen der Kompatibilität werden jedoch auch ältere Versionen (siehe rechte Spalte) angeboten.
Alle Versionen wurden mit dem Intel Compiler aus dem Intel® Parallel Studio XE übersetzt und sind gegen die Intel MKL gelinkt.
Currently we have a mirror for CRAN to allow you to install packages without direct internet access. Please use http://cran.repo.test.hhu.de/ as mirror on Hilbert |
Eine Liste aller Zusatzpakete innerhalb von R erhält man mit:
ip <- as.data.frame(installed.packages()[,c(1,3:4)]) rownames(ip) <- NULL ip <- ip[is.na(ip$Priority),1:2,drop=FALSE] print(ip, row.names=FALSE) |
In der aktuellen Version sind folgende Zusatzpakete vorhanden (Stand 14.05.2019):
Paket | Version |
---|---|
assertthat | 0.2.1 |
BH | 1.69.0-1 |
bigmemory | 4.5.33 |
bigmemory.sri | 0.1.3 |
bit | 1.1-14 |
cli | 1.1.0 |
coda | 0.19-2 |
colorspace | 1.4-1 |
crayon | 1.3.4 |
deSolve | 1.21 |
doParallel | 1.0.14 |
foreach | 1.4.4 |
glue | 1.3.1 |
iterators | 1.0.10 |
lazyeval | 0.2.2 |
magrittr | 15 |
plyr | 1.8.4 |
Rcpp | 1.0.1 |
reshape | 0.8.8 |
reshape2 | 1.4.3 |
stringi | 1.4.3 |
stringr | 1.4.0 |
SuppDists | 1.1-9.4 |
whisker | 0.3-2 |
R ermöglicht es, eigene bzw. zusätzliche Pakete in das Home-Verzeichnis zu installieren. Dazu muss zunächst von CRAN das gewünschte Source-Paket (im tar.gz-Format) herunterladen werden. Danach kann dies, z. B. in einem interaktiven Job, wie folgt installiert werden:
R-Modul laden
module load R/3.6.1 |
Verzeichnis(se) für weitere Pakete anlegen (falls noch nicht geschehen)
mkdir -p ~/R/libs |
diesen neuen Pfad für R bekannt machen
echo 'R_LIBS_USER="~/R/libs"' >> $HOME/.Renviron |
neues Paket (als Beispiel mypackage.tar.gz) in diesen Pfad installieren
R CMD INSTALL -l ~/R/libs/ mypackage.tar.gz |
Sollen weitere Pakete installiert werden, dann erübrigen sich die ersten Schritte (insbesondere 2. und 3.).
R scheint an dieser Stelle nur tar.gz-Archive zu verstehen. Leider bieten manche Download-Seiten aber nur andere Archiv-Formate, wie bspw. ZIP, zum Herunterladen an. Falls dies der Fall sein sollte, kann man mittels
|
$ mkdir -p ~/R/libs |
The Intel compiler, that we use to build R, conflicts with gcc headers when using complex data types, resulting in an error similar to the one below when installing some R libraries:
/software/intel/xe2019/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/compiler/include/complex(310): error #308: member "std::complex<double>::_M_value" (declared at line 1337 of "/usr/include/c++/4.8.5/complex") is inaccessible |
~/.R/Makevars
such as:CFLAGS += -wd308 CXXFLAGS += -wd308 CPPFLAGS += -wd308 PKG_CFLAGS += -wd308 PKG_CXXFLAGS += -wd308 PKG_CPPFLAGS += -wd308 |
verfügbare Versionen |
---|
3.0.2 |
3.2.3 |
3.3.2 |
3.5.3 |
3.6.1 |