Eine weit verbreitete Programmierumgebung für statistische Berechnungen und Grafiken.
Aktuell haben wir auf dem Cluster Version 3.6.1 als neueste Version von R installiert. Aus Gründen der Kompatibilität werden jedoch auch ältere Versionen (siehe rechte Spalte) angeboten.
Alle Versionen wurden mit dem Intel Compiler aus dem Intel® Parallel Studio XE übersetzt und sind gegen die Intel MKL gelinkt.
Currently we have a mirror for CRAN to allow you to install packages without direct internet access. Please use http://cran.repo.test.hhu.de/ as mirror on Hilbert |
Eine Liste aller Zusatzpakete innerhalb von R erhält man mit:
ip <- as.data.frame(installed.packages()[,c(1,3:4)]) rownames(ip) <- NULL ip <- ip[is.na(ip$Priority),1:2,drop=FALSE] print(ip, row.names=FALSE) |
In der aktuellen Version sind folgende Zusatzpakete vorhanden (Stand 14.05.2019):
Paket | Version |
---|---|
assertthat | 0.2.1 |
BH | 1.69.0-1 |
bigmemory | 4.5.33 |
bigmemory.sri | 0.1.3 |
bit | 1.1-14 |
cli | 1.1.0 |
coda | 0.19-2 |
colorspace | 1.4-1 |
crayon | 1.3.4 |
deSolve | 1.21 |
doParallel | 1.0.14 |
foreach | 1.4.4 |
glue | 1.3.1 |
iterators | 1.0.10 |
lazyeval | 0.2.2 |
magrittr | 15 |
plyr | 1.8.4 |
Rcpp | 1.0.1 |
reshape | 0.8.8 |
reshape2 | 1.4.3 |
stringi | 1.4.3 |
stringr | 1.4.0 |
SuppDists | 1.1-9.4 |
whisker | 0.3-2 |
R ermöglicht es, eigene bzw. zusätzliche Pakete in das Home-Verzeichnis zu installieren. Dazu muss zunächst von CRAN das gewünschte Source-Paket (im tar.gz-Format) herunterladen werden. Danach kann dies, z. B. in einem interaktiven Job, wie folgt installiert werden:
R-Modul laden
module load R/3.6.1 |
Verzeichnis(se) für weitere Pakete anlegen (falls noch nicht geschehen)
mkdir -p ~/R/libs |
diesen neuen Pfad für R bekannt machen
echo 'R_LIBS_USER="~/R/libs"' >> $HOME/.Renviron |
neues Paket (als Beispiel mypackage.tar.gz) in diesen Pfad installieren
R CMD INSTALL -l ~/R/libs/ mypackage.tar.gz |
Sollen weitere Pakete installiert werden, dann erübrigen sich die ersten Schritte (insbesondere 2. und 3.).
R scheint an dieser Stelle nur tar.gz-Archive zu verstehen. Leider bieten manche Download-Seiten aber nur andere Archiv-Formate, wie bspw. ZIP, zum Herunterladen an. Falls dies der Fall sein sollte, kann man mittels
|
$ mkdir -p ~/R/libs |
It is possible in R to execute methods in parallel across multiple cores with the library parallel
https://dept.stat.lsa.umich.edu/~jerrick/courses/stat701/notes/parallel.html
The method detectCores
() returns incorrect numbers and should not be used.
A good replacement is https://github.com/HenrikBengtsson/parallelly
The Intel compiler, that we use to build R, conflicts with gcc headers when using complex data types, resulting in an error similar to the one below when installing some R libraries:
/software/intel/xe2019/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/compiler/include/complex(310): error #308: member "std::complex<double>::_M_value" (declared at line 1337 of "/usr/include/c++/4.8.5/complex") is inaccessible |
~/.R/Makevars
such as:CFLAGS += -wd308 CXXFLAGS += -wd308 CPPFLAGS += -wd308 PKG_CFLAGS += -wd308 PKG_CXXFLAGS += -wd308 PKG_CPPFLAGS += -wd308 |
verfügbare Versionen |
---|
3.0.2 |
3.2.3 |
3.3.2 |
3.5.3 |
3.6.1 |
4.0.3 |