...
| HOST | CPU | RAM | NVRAM | HDD | SSD | ETHERNET | INFINIBAND |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| node21 - node38 | 2x Xeon E5-2697v2 (12x 2,7 Ghz) | 128 GB | - | - | 128 GB | 1 Gbit/s | 56 Gbit/s |
| node63 - node64 | Xeon E3-1220 (4x 3,1 GHz) | 32 GB | - | 1 TB | 240 GB | 1 Gbit/s | 56 Gbit/s |
| node65 - node72 | Xeon E5-1650 (6x 3,5 GHz) | 64 GB | - | 1 TB | 240 GB | 1 Gbit/s | 56 Gbit/s |
| node73 - node80 | Xeon E5-1650 (6x 3,5 GHz) | 64 GB | - | 1 TB | 480 GB | 1 Gbit/s | 56 Gbit/s |
| node81 - node82 | Xeon Silver 4216 (16x 2,1 GHz) | 64 GB | - | 1 TB | 480 GB | 10 Gbit/s | 100 Gbit/s |
| node83 - node84 | Xeon Gold 5218 (16x 2,3 GHz) | 64 GB | 128 GB | 2 TB | 480 GB | 1 Gbit/s | 100 Gbit/s |
Zugang
Der Zugang zum Cluster erfolgt per ssh über einen Login-Knoten (sollipulli) mit der IP-Adresse 134.99.70.210 auf Port 22.
Um einen Zugang zum Cluster zu erhalten, ist die Erzeugung eines SSH-Schlüsselpaars notwendig. Dies geht mit dem Befehl ssh-keygen.
Eine passphrase muss nicht angegeben werden.
| Codeblock | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "your_email@example.com"
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /home/schoettner/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/schoettner/.ssh/id_rsa.pub. |
Anschließend muss der erzeugte öffentliche Teil des Schlüsselpaar id_rsa.pub (im Beispiel oben) mit der Bitte einen Account anzulegen an unseren Administrator Dr. Michael Braitmeier per E-Mail gesendet werden. Sobald Ihr Account erstellt wurde, erhalten Sie eine Benachrichtigung und können sich am Cluster mithilfe des privaten Keys id_rsa einloggen. Den privaten Key sollten sie geheim halten.
Das Einloggen sehen Sie im nachstehenden Beispiel. Der Benutzername ist ihr Nachname klein geschrieben und Umlaute ausgeschrieben.
| Codeblock | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
ssh schoettner@134.99.70.210 -i id_rsa |
Interaktive Sessions
Nach dem Login auf dem Cluster ist es möglich eine interaktive Session auf einem der Rechenknoten zu starten. Beim Starten jeder Session ist die Angabe der benötigten Ressourcen notwendig, sodass der Scheduler einen geeigneten Knoten zuweisen kann. Der folgende Aufruf startet eine interaktive Session, welche einen CPU-Kern, 4 Gigabyte Arbeitsspeicher, eine 56 Gbit/s InfiniBand Karte sowie eine Stunde Rechenzeit benötigt.
| Codeblock | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
student@sollipulli:~$ qsub -I -l ncpus=1,mem=4gb,nic_type=ib56,walltime=01:00:00
qsub: waiting for job 82.openpbs.bscluster to start
qsub: job 82.openpbs.bscluster ready
student@node80:~$ |
Die folgenden Parameter können beim Starten eines OpenPBS Jobs zusätzlich angegeben werden.
...
nic_type=eth...
nic_type=ib40...
nic_type=ib56...
nic_type=ib100...
cpu_family=e3...
cpu_family=e5...
cpu_family=silver...
| Warnung | ||
|---|---|---|
| ||
Sollten die angegebenen Ressourcen durch die innerhalb der Session ausgeführten Programme überschritten werden, so wird die Session automatisch beendet. Aus diesem Grund ist es wichtig die Ressourcen im Vorfeld geeignet zu wählen. |
Verteilte Jobs
...
Das OpenPBS System unterstützt die Möglichkeit Jobs auf mehreren Hosts parallel auszuführen, um bspw. ein verteiltes System aufzusetzen. Ein beispielhaftes Jobskript, welches zwei Hosts zur Ausführung nutzt und hierbei den Ausführungsort unterscheidet, könnte folgendermaßen aussehen.
...