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Muss jedoch Software kompiliert werden sind mehrere Dinge zu beachten. Alle Komponenten im Cluster laufen auf Intel-Prozessoren mit x86_64 jedoch aus unterschiedlichen Generationen. Wenn man nun sein Programm auf hpc-login kompiliert, dann sollte man keine besonderen Optimierungen verweden verwenden und auch nicht auf spezielle Chip-Erweiterungen setzen. Da diese möglicherweise nicht auf den anderen Systemen zur verfügung Verfügung stehen.
Um ein Programm genau auf die Hardware der Rechenknoten zu optimieren empfieht es sich somit einen Job zu schreiben der das Programm kompiliert.
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