#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=3gb
#PBS -l walltime=01:59:00
#PBS -A "HPC-Project"
set -e
## Log-File definieren
export LOGFILE=$PBS_O_WORKDIR/$PBS_JOBNAME"."$PBS_JOBID".log"
##Scratch-Laufwerk definieren und erzeugen
SCRATCHDIR=/scratch_gs/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p "$SCRATCHDIR"
##Information zum Start in das Log-File schreiben
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$RUNDIR" START" > $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE
##Software-Umgebung laden
module load R
##Daten vom Arbeitsverzeichnis auf das Scratch-Laufwerk kopieren
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* $SCRATCHDIR/.
cd $SCRATCHDIR
rm $PBS_JOBNAME"."$PBS_JOBID".log"
##R-Aufruf
R CMD BATCH --slave R-Script.R R-Output.Rout
##Daten zurück kopieren
cp -r "$SCRATCHDIR"/* $PBS_O_WORKDIR/.
cd $PBS_O_WORKDIR
##Verfügbare Informationen zum Auftrag in das Log-File schreiben
echo >> $LOGFILE
qstat -f $PBS_JOBID >> $LOGFILE
echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$RUNDIR" END" >> $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE |