Singularity Container
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| Status |
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| colour | Green |
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| title | Version • 3.7.0 |
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Alternativ ist es möglich den Container mittels eines Remote Builders in der Sylabs Cloud zu bauen. Hierfür wird ein entsprechender Account benötigt.
Container außerhalb des Clusters erstellen
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Nachstehend sind einige grundlegende Schritte für das Erstellen eines Containers.
| Codeblock |
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| language | text |
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| theme | Midnight |
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| title | Ubuntu 20.04 Image herunterladen und einen Container daraus erstellen |
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singularity pull ubuntu.sif library://ubuntu:20.04 |
| Codeblock |
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| language | text |
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| theme | Midnight |
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| title | Container lokal erkunden |
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# Start the container, and enter the shell
singularity shell ./ubuntu.sif
# Now check the operating system of the container, you would see Ubuntu
head /etc/os-release
# your user id inside container
whoami
# exit the container
exit |
| Codeblock |
|---|
| language | text |
|---|
| theme | Midnight |
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| title | Convert the ubuntu.sif file into a Singularity sandbox |
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singularity build --fakeroot --sandbox myubuntu ./ubuntu.sif |
| Codeblock |
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| language | text |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | Start the sandbox as container with a writable shell and install nano |
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singularity shell --fakeroot --writable myubuntu
apt update
apt upgrade
apt install nano
exit |
| Codeblock |
|---|
| language | text |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | Convert the sandbox into a Singularity image file |
|---|
|
singularity build --fakeroot myubuntu.sif myubuntu/ |
| Codeblock |
|---|
| language | text |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | Create an image from a def file |
|---|
|
Bootstrap: docker
From: ubuntu:18.04
%post
apt-get update -y
apt-get -y install libpmem1 librpmem1 libpmemblk1 libpmemlog1 libpmemobj1 libpmempool1
apt-get -y install libpmem-dev librpmem-dev libpmemblk-dev libpmemlog-dev libpmemobj-dev libpmempool-dev libpmempool-dev
apt-get -y install build-essential libmemkind-dev libvmem-dev nano git |
Container im Clusters nutzen
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Nachdem der Container gebaut und auf das Cluster übertragen wurde , kann er ist er auf allen Knoten verfügbar und kann mit den folgenden Befehlen gestartet werden.
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