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Beispiel 2 führt dazu, dass man zwei Ranks / Chunks mit jeweils 12 Cores bekommt, welche jedoch zwingend auf verschiedenen Knoten sind.
Danach gibt es mehrere Möglichkeiten die Anwendung zu starten:
MPI
Das Message Passing Interface (MPI) ist ein Industriestandard offener Standard für die Kommunikation einer Anwendung zwischen mehreren Prozessen , welche auf unterschiedlichen Systemen laufeneiner parallelen Anwendung.
Aktuell ist dieser Standard in der Version 3.1 verfügbar und wird auch in den neuesten Implementierungen (z.B. Intel MPI) unterstützt.
Auf unserem HPC-System sind folgende MPI-Versionen verfügbar:
| MPI | Version | module | Anmerkung |
|---|---|---|---|
| Intel MPI | 4.1.0.024 | intelmpi/4.1.0.024 |
| Intel MPI | 5.0.2.044 | intelmpi/5.0.2.044 | bevorzugt |
| MPICH | 3.0.4 | mpich/3.0.4/14.4 |
| MPICH | 3.1.3 | mpich/3.1.3/15.3 |
| MPT | 2.06 | mpt/2.06 | optimiert für SGI UV |
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pbsdsh
Dieses Tool ist Bestandteil des Batchsystems PBSPro und ermöglicht es ein Programm auf allen Nodes und allen Cores des Jobs zu starten. Dabei ist zu beachten, dass es grundsätzlich keine Möglichkeit zur Unterscheidung der Prozesse gibt. Man ist somit also gezwungen sich selbst darum zu kümmern, dass unterschiedliche Berechnungen ausgeführt werden.
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