Versionen im Vergleich

Alte Version 6

changes.mady.by.user Raub, Stephan

Gespeichert am

verglichen mit

Neue Version 7

changes.mady.by.user Rehs, Philipp Helo

Gespeichert am

Schlüssel

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Hinweis

Derzeit ist die Nutzung der Matlab-Lizenzen auf Hilbert eingeschränkt, da es nicht genügend Lizenzen für den Campus gibt.


Auf dem HPC-System stehen mehrere MatLab-Versionen zu Verfügung. Die Lizensierung findet über den zentralen Lizenzserver im ZIM statt.

Die Software kann über module load MATLAB/R2015b geladen werden.

Da es nur eine knappe Anzahl an Lizenzen gibt empfiehlt es sich beim Abschicken des Jobs direkt eine MatLab-Lizenz mit anzufordern. Dadurch wird der Job nur gestartet, wenn eine zentrale Lizenz verfügbar ist. Dies ist möglich über die Resource matlablicence im Jobfile

Codeblock
languagebash
#PBS -l matlablicence=1

oder über eine explizite Angabe beim qsub:

Codeblock
languagebash
qsub -l matlablicence=1 matlab.job

Zusätzliche Resourcen für besondere Erweiterungen

Für die folgenden Toolboxen gibt es nur eine geringe Anzahl an Lizenzen, daher kann es sein, dass Jobs lange Warten müssen. Dies hat jedoch immer noch den Vorteil, dass Jobs nicht einfach abstürzen.

ToolboxLizenzenResource

Parallel Computing Toolbox

20
matlab_dct_licence
Image Toolbox20
matlab_image_licence
Statistics Toolbox50
matlab_stats_licence
Optimization Toolbox50
matlab_opt_licence

Diese Resourcen können wie folgt angefordert werden:

Codeblock
languagebash
#PBS -l matlab_image_licence=1


Beispiel Job-File für Matlab

Codeblock
languagebash
titlematlab.job
collapsetrue
#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=32gb
#PBS -l place=group=socket
#PBS -l walltime=00:59:00
#PBS -l matlablicence=1
#PBS -r n
#PBS -N MatlabLicence
#PBS -A $MYJAM_PROJECT$

me=`basename $0`
LOGFILE=$PBS_O_WORKDIR/$PBS_JOBNAME"."$PBS_JOBID".log"
SCRATCHDIR=/scratch_gs/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p "$SCRATCHDIR"
cd $PBS_O_WORKDIR

echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$RUNDIR" START" > $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE
CPUSET=/dev/cpuset/PBSPro/$PBS_JOBID
CPUSET_CPUS=`cat $CPUSET/cpus`
CPUSET_MEMS=`cat $CPUSET/mems`
echo >> $LOGFILE
echo "GLOBAL PARAMETERS" >> $LOGFILE
echo "---------------------------" >> $LOGFILE
echo "Node      : "`hostname` >> $LOGFILE
echo "RunDir    : "$PBS_O_WORKDIR >> $LOGFILE
echo "ScratchDir: "$SCRATCHDIR >> $LOGFILE
echo "# CPUs    : "$NCPUS >> $LOGFILE
echo "  \`-CPUSet: "$CPUSET_CPUS >> $LOGFILE
echo "  \`-MEMs  : "$CPUSET_MEMS >> $LOGFILE
echo "# Threads : "$OMP_NUM_THREADS >> $LOGFILE

shopt -s extglob
cp -r $PBS_O_WORKDIR/!($PBS_JOBNAME"."$PBS_JOBID".log") $SCRATCHDIR/.
cd $SCRATCHDIR

echo >> $LOGFILE
echo "STARTING..." >> $LOGFILE
echo "---------------------------" >> $LOGFILE

#DO SOMETHING
module load MATLAB/R2015b
matlab -nodisplay -nojvm -nosplash -nodesktop -r "try, run('MATLAB_RUN_FILE.m'),catch, exit(1), end, exit(0);"


cp -r $SCRATCHDIR/* $PBS_O_WORKDIR/.
cd $PBS_O_WORKDIR

echo >> $LOGFILE
qstat -f $PBS_JOBID >> $LOGFILE
echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$RUNDIR" END" >> $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE



verfügbare Versionen
R2010a
R2011a

R2011b

R2014a
R2015a

R2015b