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Personenbezogene Forschungsdaten und Forschungsdaten, die unter die Geheimhaltung fallen, dürfen auf dem HPC-System nur sicher verschlüsselt gespeichert werden. Lediglich aktiv genutzt genutzte Daten dürfen während der Laufzeit eines Jobs zeitweise entschlüsselt, aber nur in flüchtigen Speichern wie dem Arbeitsspeicher (RAM), vorliegen. Die Verschlüsselung muss dem Stand der Technik und dem Schutzniveau der Daten Rechnung tragen. Menschliche Genom-Daten beispielsweise besitzen das höchste Schutzniveau und sind entsprechend sicher zu verschlüsseln. 

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