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LAMMPS is a highly parallized Molecular Dynamics Simulator which uses MPI and OpenMP on CPUs or CUDA to run on GPUs.
Examples
On CPU with MPI
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#PBS -l select=4:ncpus=1:mpiprocs=1:mem=5G inputFile="in.melt" module load LAMMPS/stable_12Dec2018 cd $PBS_O_WORKDIR MPICPUS=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) mpirun -n $MPICPUS lmp -in $inputFile > in.melt.output |
On GPU
| Codeblock | ||
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#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=5G:ngpus=1 inputFile="in.melt" module load LAMMPS/stable_12Dec2018 cd $PBS_O_WORKDIR lmp -sf gpu -in $inputFile > in.melt.output |
| Panel | ||||||||||
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