Conda ist ein Paketmanager um reproduzierbar Software-Umgebungen auf Systemen zu installieren. Dabei werden Abhängigkeiten zu Bibliotheken automatisch aufgelöst und in vorkompilierter Fassung installiert.
Dies hat den Vorteil, dass man immer genau die gleiche Version einer Software installiert, egal auf welchem System man ist. Der Nachteil ist jedoch, dass oftmals keine Optimierungen für den konkret vorhandenen CPU berücksichtigt werden. Dies führt zu einer höheren Laufzeit der Programme.
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conda install -c http://conda.repo.test.hhu.de/bioconda -c http://conda.repo.test.hhu.de/defaults -c http://conda.repo.test.hhu.de/conda-forge --override-channels $PACKAGE_NAME
name: Example channels: - nodefaults - http://conda.repo.test.hhu.de/bioconda - http://conda.repo.test.hhu.de/main - http://conda.repo.test.hhu.de/conda-forge dependencies: - bwa = 0.7.17 - samtools = 1.10 - bcftools = 1.10.2
