MATLAB

Auf dem HPC-System stehen mehrere MatLab-Versionen zu Verfügung. Die Lizensierung findet über den zentralen Lizenzserver im ZIM statt.

Die Software kann über module load MATLAB/R2015b geladen werden.

Da es nur eine knappe Anzahl an Lizenzen gibt empfiehlt es sich beim Abschicken des Jobs direkt eine MatLab-Lizenz mit anzufordern. Dadurch wird der Job nur gestartet, wenn eine zentrale Lizenz verfügbar ist. Dies ist möglich über die Resource matlablicence im Jobfile

#PBS -l matlablicence=1

oder über eine explizite Angabe beim qsub:

qsub -l matlablicence=1 matlab.job

Parallel Computing Toolbox

Für die Parallel Computing Toolbox gibt es eine zusätzliche Resource im Batchsystem namens matlab_dct_licence, welche den Lizenzstatus für diese MatLab-Erweiterung überprüft. Da es jedoch nur 6 Lizenzen gibt kann es sein, dass Jobs lange warten müssen.

#PBS -l matlab_dct_licence=1

Beispiel Job-File für Matlab

matlab.job

#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=32gb
#PBS -l place=group=socket
#PBS -l walltime=00:59:00
#PBS -l matlablicence=1
#PBS -r n
#PBS -N MatlabLicence
#PBS -A $MYJAM_PROJECT$

me=`basename $0`
LOGFILE=$PBS_O_WORKDIR/$PBS_JOBNAME"."$PBS_JOBID".log"
SCRATCHDIR=/scratch_gs/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p "$SCRATCHDIR"
cd $PBS_O_WORKDIR

echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$RUNDIR" START" > $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE
CPUSET=/dev/cpuset/PBSPro/$PBS_JOBID
CPUSET_CPUS=`cat $CPUSET/cpus`
CPUSET_MEMS=`cat $CPUSET/mems`
echo >> $LOGFILE
echo "GLOBAL PARAMETERS" >> $LOGFILE
echo "---------------------------" >> $LOGFILE
echo "Node      : "`hostname` >> $LOGFILE
echo "RunDir    : "$PBS_O_WORKDIR >> $LOGFILE
echo "ScratchDir: "$SCRATCHDIR >> $LOGFILE
echo "# CPUs    : "$NCPUS >> $LOGFILE
echo "  \`-CPUSet: "$CPUSET_CPUS >> $LOGFILE
echo "  \`-MEMs  : "$CPUSET_MEMS >> $LOGFILE
echo "# Threads : "$OMP_NUM_THREADS >> $LOGFILE

shopt -s extglob
cp -r $PBS_O_WORKDIR/!($PBS_JOBNAME"."$PBS_JOBID".log") $SCRATCHDIR/.
cd $SCRATCHDIR

echo >> $LOGFILE
echo "STARTING..." >> $LOGFILE
echo "---------------------------" >> $LOGFILE

#DO SOMETHING
module load MATLAB/R2015b
matlab -nodisplay -nojvm -nosplash -nodesktop -r "try, run('MATLAB_RUN_FILE.m'),catch, exit(1), end, exit(0);"


cp -r $SCRATCHDIR/* $PBS_O_WORKDIR/.
cd $PBS_O_WORKDIR

echo >> $LOGFILE
qstat -f $PBS_JOBID >> $LOGFILE
echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$RUNDIR" END" >> $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE

verfügbare Versionen
R2010a
R2011a
R2011b
R2014a
R2015a
R2015b

Seitenhierarchie

MATLAB

Parallel Computing Toolbox

Beispiel Job-File für Matlab