Eine weit verbreitete Programmierumgebung für statistische Berechnungen und Grafiken.

Versionen

Aktuell haben wir auf dem Cluster Version 3.6.1 als neueste Version von R installiert. Aus Gründen der Kompatibilität werden jedoch auch ältere Versionen (siehe rechte Spalte) angeboten.

Alle Versionen wurden mit dem Intel Compiler aus dem Intel® Parallel Studio XE übersetzt und sind gegen die Intel MKL gelinkt.

Zusatzpakete

Eine Liste aller Zusatzpakete innerhalb von R erhält man mit:

ip <- as.data.frame(installed.packages()[,c(1,3:4)])
rownames(ip) <- NULL
ip <- ip[is.na(ip$Priority),1:2,drop=FALSE]
print(ip, row.names=FALSE)

In der aktuellen Version sind folgende Zusatzpakete vorhanden (Stand 14.05.2019):

Eigene Pakete hinzufügen

R ermöglicht es, eigene bzw. zusätzliche Pakete in das Home-Verzeichnis zu installieren. Dazu muss zunächst von CRAN das gewünschte Source-Paket (im tar.gz-Format) herunterladen werden. Danach kann dies, z. B. in einem interaktiven Job, wie folgt installiert werden:

1. R-Modul laden

   Codeblock
   language bash
   module load R/3.6.1

   
   

2. Verzeichnis(se) für weitere Pakete anlegen (falls noch nicht geschehen)

   Codeblock
   language bash
   mkdir -p ~/R/libs

   
   

3. diesen neuen Pfad für R bekannt machen

   Codeblock
   language bash
   echo 'R_LIBS_USER="~/R/libs"' >> $HOME/.Renviron

   
   

4. neues Paket (als Beispiel mypackage.tar.gz) in diesen Pfad installieren

   Codeblock
   language bash
   R CMD INSTALL -l ~/R/libs/ mypackage.tar.gz

   
   

Sollen weitere Pakete installiert werden, dann erübrigen sich die ersten Schritte (insbesondere 2. und 3.).

unzip mypackage.zip
das heruntergeladene Archiv entpacken und dann mittels

tar --create --verbose --gzip --file=mypackage.tar.gz mypackage/

wieder in ein tar.gz-Archiv packen. Damit sollte dann der 4. Schritt funktionieren.