Eine weit verbreitete Programmierumgebung für statistische Berechnungen und Grafiken.
Versionen
Aktuell haben wir auf dem Cluster Version 3.6.1 als neueste Version von R installiert. Aus Gründen der Kompatibilität werden jedoch auch ältere Versionen (siehe rechte Spalte) angeboten.
Alle Versionen wurden mit dem Intel Compiler aus dem Intel® Parallel Studio XE übersetzt und sind gegen die Intel MKL gelinkt.
Latest Information
Currently we have a mirror for CRAN to allow you to install packages without direct internet access. Please use http://cran.repo.test.hhu.de/ as mirror on Hilbert
Zusatzpakete
Eine Liste aller Zusatzpakete innerhalb von R erhält man mit:
ip <- as.data.frame(installed.packages()[,c(1,3:4)]) rownames(ip) <- NULL ip <- ip[is.na(ip$Priority),1:2,drop=FALSE] print(ip, row.names=FALSE)
In der aktuellen Version sind folgende Zusatzpakete vorhanden (Stand 14.05.2019):
| Paket | Version |
|---|---|
| assertthat | 0.2.1 |
| BH | 1.69.0-1 |
| bigmemory | 4.5.33 |
| bigmemory.sri | 0.1.3 |
| bit | 1.1-14 |
| cli | 1.1.0 |
| coda | 0.19-2 |
| colorspace | 1.4-1 |
| crayon | 1.3.4 |
| deSolve | 1.21 |
| doParallel | 1.0.14 |
| foreach | 1.4.4 |
| glue | 1.3.1 |
| iterators | 1.0.10 |
| lazyeval | 0.2.2 |
| magrittr | 15 |
| plyr | 1.8.4 |
| Rcpp | 1.0.1 |
| reshape | 0.8.8 |
| reshape2 | 1.4.3 |
| stringi | 1.4.3 |
| stringr | 1.4.0 |
| SuppDists | 1.1-9.4 |
| whisker | 0.3-2 |
Eigene Pakete hinzufügen
R ermöglicht es, eigene bzw. zusätzliche Pakete in das Home-Verzeichnis zu installieren. Dazu muss zunächst von CRAN das gewünschte Source-Paket (im tar.gz-Format) herunterladen werden. Danach kann dies, z. B. in einem interaktiven Job, wie folgt installiert werden:
R-Modul laden
module load R/3.6.1
Verzeichnis(se) für weitere Pakete anlegen (falls noch nicht geschehen)
mkdir -p ~/R/libs
diesen neuen Pfad für R bekannt machen
echo 'R_LIBS_USER="~/R/libs"' >> $HOME/.Renviron
neues Paket (als Beispiel mypackage.tar.gz) in diesen Pfad installieren
R CMD INSTALL -l ~/R/libs/ mypackage.tar.gz
Sollen weitere Pakete installiert werden, dann erübrigen sich die ersten Schritte (insbesondere 2. und 3.).
Tipp für andere Archiv-Formate
R scheint an dieser Stelle nur tar.gz-Archive zu verstehen. Leider bieten manche Download-Seiten aber nur andere Archiv-Formate, wie bspw. ZIP, zum Herunterladen an. Falls dies der Fall sein sollte, kann man mittels
unzip mypackage.zip
das heruntergeladene Archiv entpacken und dann mittels
tar --create --verbose --gzip --file=mypackage.tar.gz mypackage/wieder in ein tar.gz-Archiv packen. Damit sollte dann der 4. Schritt funktionieren.
| verfügbare Versionen |
|---|
| 3.0.2 |
| 3.2.3 |
| 3.3.2 |
3.5.3 |
| 3.6.1 |
