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- Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads
(https://github.com/fenderglass/Flye) - SMARTdenovo is an ultra-fast de novo assembler using long noisy reads
(https://github.com/ruanjue/smartdenovo) - bwa - Burrows-Wheeler Alignment Tool for mapping low-divergent sequences against a large reference genome
(http://bio-bwa.sourceforge.net/)