Eine weit verbreitete Programmierumgebung für statistische Berechnungen und Grafiken.
Versionen
Aktuell haben wir auf dem Cluster Version 3.6.1 als neueste Version von R installiert. Aus Gründen der Kompatibilität werden jedoch auch ältere Versionen (siehe rechte Spalte) angeboten.
Alle Versionen wurden mit dem Intel Compiler aus dem Intel® Parallel Studio XE übersetzt und sind gegen die Intel MKL gelinkt.
Latest Information
Currently we have a mirror for CRAN to allow you to install packages without direct internet access. Please use http://cran.repo.test.hhu.de/ as mirror on Hilbert
Zusatzpakete
Eine Liste aller Zusatzpakete innerhalb von R erhält man mit:
ip <- as.data.frame(installed.packages()[,c(1,3:4)]) rownames(ip) <- NULL ip <- ip[is.na(ip$Priority),1:2,drop=FALSE] print(ip, row.names=FALSE)
In der aktuellen Version sind folgende Zusatzpakete vorhanden (Stand 14.05.2019):
| Paket | Version |
|---|---|
| assertthat | 0.2.1 |
| BH | 1.69.0-1 |
| bigmemory | 4.5.33 |
| bigmemory.sri | 0.1.3 |
| bit | 1.1-14 |
| cli | 1.1.0 |
| coda | 0.19-2 |
| colorspace | 1.4-1 |
| crayon | 1.3.4 |
| deSolve | 1.21 |
| doParallel | 1.0.14 |
| foreach | 1.4.4 |
| glue | 1.3.1 |
| iterators | 1.0.10 |
| lazyeval | 0.2.2 |
| magrittr | 15 |
| plyr | 1.8.4 |
| Rcpp | 1.0.1 |
| reshape | 0.8.8 |
| reshape2 | 1.4.3 |
| stringi | 1.4.3 |
| stringr | 1.4.0 |
| SuppDists | 1.1-9.4 |
| whisker | 0.3-2 |
Eigene Pakete hinzufügen
R ermöglicht es, eigene bzw. zusätzliche Pakete in das Home-Verzeichnis zu installieren. Dazu muss zunächst von CRAN das gewünschte Source-Paket (im tar.gz-Format) herunterladen werden. Danach kann dies, z. B. in einem interaktiven Job, wie folgt installiert werden:
R-Modul laden
module load R/3.6.1
Verzeichnis(se) für weitere Pakete anlegen (falls noch nicht geschehen)
mkdir -p ~/R/libs
diesen neuen Pfad für R bekannt machen
echo 'R_LIBS_USER="~/R/libs"' >> $HOME/.Renviron
neues Paket (als Beispiel mypackage.tar.gz) in diesen Pfad installieren
R CMD INSTALL -l ~/R/libs/ mypackage.tar.gz
Sollen weitere Pakete installiert werden, dann erübrigen sich die ersten Schritte (insbesondere 2. und 3.).
Tipp für andere Archiv-Formate
R scheint an dieser Stelle nur tar.gz-Archive zu verstehen. Leider bieten manche Download-Seiten aber nur andere Archiv-Formate, wie bspw. ZIP, zum Herunterladen an. Falls dies der Fall sein sollte, kann man mittels
unzip mypackage.zip
das heruntergeladene Archiv entpacken und dann mittels
tar --create --verbose --gzip --file=mypackage.tar.gz mypackage/wieder in ein tar.gz-Archiv packen. Damit sollte dann der 4. Schritt funktionieren.
Beispielinstallation mittels CRAN
$ mkdir -p ~/R/libs
$ module load R/4.0.3
$ R
> install.packages("tidyselect", lib = "~/R/libs/", repos = "http://cran.repo.test.hhu.de/")
...
* DONE (tidyselect)
Common Errors
error #308: member "std::complex::_M_value" (declared at line 1337 of "/usr/include/c++/4.8.5/complex") is inaccessible
The Intel compiler, that we use to build R, conflicts with gcc headers when using complex data types, resulting in an error similar to the one below when installing some R libraries:
/software/intel/xe2019/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/compiler/include/complex(310): error #308: member "std::complex<double>::_M_value" (declared at line 1337 of "/usr/include/c++/4.8.5/complex") is inaccessible
~/.R/Makevars such as:CFLAGS += -wd308 CXXFLAGS += -wd308 CPPFLAGS += -wd308 PKG_CFLAGS += -wd308 PKG_CXXFLAGS += -wd308 PKG_CPPFLAGS += -wd308
| verfügbare Versionen |
|---|
| 3.0.2 |
| 3.2.3 |
| 3.3.2 |
3.5.3 |
| 3.6.1 |
